文山州境内的风景名胜区有:三江并流国家级风景名胜区、马关县的马白山原始森林公园,广南县八宝镇莲城村小石城遗址,丘北县平寨乡大坪子新石器时代遗址,广南县珠街乡者北冲新石器时代遗址;西畴县的西洒镇和蚌谷乡老寨村、法斗村的新石器时代遗址,麻栗坡县的猛硐乡铜厂村大石洞古人类居住地遗址,富宁县的归朝镇龙庆村旧石器时代晚期至青铜器时代早期遗址,广南县八宝镇天星村大岩洞新石器时代晚期至青铜器时代中期遗址。
文山州境内的自然保护区有:麻栗坡县的八布河水库自然保护区(省级)、广南县的铜壁关自然保护区(省级)等。